Nei percorsi dimenticati, la storia inizia con l'MC che si sveglia nella casa del tipo Nina, che lo ha scoperto incosciente per strada. Lottando con l'amnesia completa, non ricorda nemmeno il suo nome. Mentre si imbarca in una ricerca per riguadagnare i suoi ricordi, scopre le peculiarità e gli enigmi nel mondo che lo circonda. Quali segreti si trovano sotto la superficie di questo mondo? Cosa ha causato il personaggio principale a cancellare la sua memoria? In mezzo alla ricerca della verità, di chi può fidarsi? Mentre si sforza di svelare questi misteri, il personaggio principale deve acclimatare una società in cui tutto sembra sconosciuto.